Mise à jour ! mkisofs n’est plus maintenu depuis 2002, c’est un alias vers genisoimage (ce qui ne remet pas en question le tutoriel ci-dessous)
Rien de plus simple !
Avec une Debian ou une Ubuntu bien configurée, on installe le paquet mkisofs (avec sudo ou directement en root):
% sudo apt-get install mkisofs
Pour créer une iso test.iso avec pour racine /home/anthony/test (et contenant donc tout ce qu’il y a dans ce répertoire) :
% mkisofs -o test.iso /home/anthony/test
et l’iso est créée dans le répertoire courant !
Pour vérifier que votre iso est valide, vous pouvez la tester en la montant sur votre système de fichiers :
% sudo mount -t iso9660 test.iso repertoire_test -o loop
Y a t’il tout ce que l’on y a mis ?
ls -al repertoire_test
OK ? alors on démonte
% sudo umount test.iso
et on grave ou stocke l’iso !!

Important !
Si vous voulez sauvegarder un répertoire avec des noms de fichiers longs et/ou de nombreux répertoires imbriqués, alors ces quelques options vous seront utiles :
% genisoimage -R -r -J -joliet-long --hide-rr-moved -iso-level 4 -V "UnLabelPourIso" -o monimage.iso rep_a_sauvegarder

Références :
La page du projet mkisofs
Monter une image Iso par Andesi
Graver en console par Formation Debian